L'hiver est la pleine période de fermentation. Cette étape s'étale sur plusieurs mois. En effet, contrairement aux vins, un cidre fermente longuement. Cette fermentation lente permet d'acquérir des arômes fins, et de maîtriser l'orientation d'un cidre vers un brut, un demi-sec ou un doux (cidres plus ou moins sucrés et alcoolisés).
Pour arriver à une telle maîtrise, le producteur doit user de son savoir-faire tel un maître de chai : le producteur peut être amené à pratiquer des assemblages afin d'obtenir l'équilibre des saveurs qu'il recherche pour ses clients. Il relève chaque semaine ce que l'on appelle la densité (densimètre relevant la chute du taux de sucres au fur et à mesure de l'avancement de la fermentation). Cette maîtrise est d'autant plus difficile que la fermentation est réalisée avec des levures naturellement présentes dans le moût de pomme.